澳籍跑步女最终被注销工作许可并限期离境。具体处理结果如下：
注销工作许可：
北京市公安局出入境管理局依据《中华人民共和国出境入境管理法》第六十七条等规定，决定依法注销梁某妍的工作类居留许可。
限期离境：
在注销工作许可的同时，相关部门也责令其限期离境。
公司处理：
梁某妍就职的拜耳医药公司也对其予以开除处理。
社会反响：
该事件曝光后，引起了社会的广泛关注和讨论，许多人对她的行为表示谴责，认为她应该为自己的行为承担后果。
综上所述，澳籍跑步女因违反相关防疫规定和法律法规，最终被注销工作许可并限期离境。
